تدير المؤسسة لجنة مديرية تضم، بالإضافة إلى رئيسها، 15 عضوا يتم تعيينهم حسب الحالة، من طرف السلطة الحكومية المكلفة بالصحة والحماية الاجتماعية.

وتتكون من:

–خمسة ممثلين عن مصالح وزارة الصحة والحماية الاجتماعية والمؤسسات العمومية الموضوعة تحت وصايتها؛
–خمسة ممثلين عن المنظمات النقابية الأكثر تمثيلية للمنخرطين؛

–خمسة شخصيات تمثل القطاعات المالية والاقتصادية والاجتماعية.

وتتداول اللجنة المديرية في جميع المسائل التي تهم المؤسسة. كما تتولى إعداد برنامج العمل السنوي أو متعدد السنوات وحصر ميزانية المؤسسة وحساباتها.